เมืองนะงะซะกิ (ญี่ปุ่น: ??? Nagasaki-shi ?) ( ฟัง (วิธีใช้?ข้อมูล) ) เป็นเมืองเอกและเมืองที่ใหญ่ที่สุดในจังหวัดนะงะซะกิ บนเกาะคิวชู ประเทศญี่ปุ่น นะงะซะกิถูกก่อตั้งขึ้นโดยชาวโปรตุเกสในปลายศตวรรษที่ 16 ซึ่งขณะนั้นเป็นเพียงหมู่บ้านเล็กๆเพื่อการประมง ซึ่งทำให้นะงะซะกิกลายเป็นศูนย์กลางอิทธิพลของชาวโปรตุเกสและชาวยุโรป ตั้งแต่ศตวรรษที่ 16 ถึง 19 มีโบสถ์และศาสนสถานของศาสนาคริสต์มากมายในนะงะซะกิ ซึ่งศาสนสถานเหล่านี้ ได้ถูกขึ้นทะเบียนให้เป็นมรดกโลก นอกเหนือไปจากนี้ ท่าเรือในนะงะซะกิ ยังเคยเป็นที่ตั้งของฐานทัพเรือของกองทัพเรือจักรวรรดิญี่ปุ่น ระหว่างสงครามจีน-ญี่ปุ่นครั้งที่หนึ่ง และ สงครามรัสเซีย-ญี่ปุ่น นามของเมืองว่า "นะงะซะกิ" (??) มีความหมายว่า "แหลมที่ทอดยาว"
ระหว่างสงครามโลกครั้งที่สอง 9 สิงหาคม ค.ศ. 1945 นะงะซะกิเป็นเมืองที่สองถูกทิ้งระเบิดนิวเคลียร์ และเป็นเมืองสุดท้ายของโลกที่ถูกโจมตีด้วยอาวุธนิวเคลียร์จนถึงปัจจุบัน
นะงะซะกิ เดิมเป็นหมู่บ้านชาวประมงขนาดเล็ก และมีความสำคัญทางประวัติศาสตร์เพียงเล็กน้อย จนกระทั่งได้เริ่มติดต่อกับนักสำรวจชาวโปรตุเกสในปี ค.ศ. 1543 ซึ่งผู้นำของคณะสำรวจแรกนั้น คือ เฟอร์เนา เมนเดส ปินโต ที่เดินทางมาด้วยเรือโดยเทียบท่าใกล้ๆกับทะเนะงะชิมะ เกาะในหมู่เกาะโอซุมิ
โปรตุเกสนั้นได้ออกสำรวจโลกและค้าขายกับชาติต่างๆมากมาย หนึ่งในนั้นคือ จีน ซึ่งก่อนหน้าที่โปรตุเกสจะเข้ามา ญี่ปุ่นได้หยุดการค้าขายกับจีนอันเนื่องมาจากการปล้นชิงทรัพย์ที่บ่อยครั้งของโจรสลัด วอโก้ว ในทะเลจีนใต้ การเข้ามาของโปรตุเกสทำให้โปรตุเกสสามารถเป็นตัวกลางด้านการค้าขายให้กับทั้งสองชาติได้ซึ่งจะเป็นประโยชน์แก่ทุกฝ่าย ด้วยระยะเวลาที่ไม่นานนัก โปรตุเกสก็ได้รับความไว้วางใจจากเหล่าชาติตะวันออก อย่างไรก็ตาม การขาดแคลนท่าเรือที่มีประสิทธิภาพในคีวชู ได้เป็นปัญหาที่สำคัญสำหรับโปรตุเกสตลอดจนบรรดาเจ้าเมืองในคีวชู ที่คาดหวังผลประโยชน์จากปริมาณการค้าขายที่มากขึ้น
ขณะเดียวกัน เหล่ามิชชันนารีคณะเยสุอิตจากราชอาณาจักรนาวาร์ นำโดยบาทหลวงฟรันซิสโก คาเบียร์ ก็ได้เดินทางมาถึงคะโงะชิมะ หมู่บ้านทางตอนใต้ของคีวชู ในปี 1549 และเริ่มการเผยแผ่คำสอนของพระคริสตเจ้าไปทั่วเกาะญี่ปุ่น ผู้ติดตามของบาทหลวงคาเบียร์ยังเป็นผู้อยู่เบื้องหลัง ของการเปลี่ยนไปนับถือคริสต์ของไดเมียวจำนวนมาก หนึ่งในนั้นคือไดเมียว โอมุระ ซุมิตะกะ ได้รับผลประโยชน์มหาศาลจากส่วนแบ่งทางการค้า จากการที่เขานับถือศาสนาคริสต์อย่างลับๆ โดยในปี 1569 โอมุระได้รับอนุญาตจากเบื้องบนให้จัดตั้งท่าเรือสำหรับเรือโปรตุเกสในนะงะซะกิ ซึ่งแล้วเสร็จในปี 1571 โดยท่าเรืออยู่ภายใต้การกำกับของคณะเยสุอิต กัสปาร์ วีเลลาร์ และเรือตรี ทริสเตา วาซ เดอ เวกา ผู้ว่าการแห่งมาเก๊า โดยช่วยเหลือส่วนตัวจากโอมุระ
